Amasya ilinin Güney – Batısında bulunan Göynücek, Doğu – Batı ve Kuzey –Güney istikametinde geçen tarihi ticaret yollarının kesiştiği bir coğrafya üzerine kuruludur.
Göynücek‘te ilk yerleşmeler mevcut bilgilerimiz ışığında Kalkolitik Çağa (M.Ö.55000–3000) kadar uzanmaktadır. Bu nedenle denilebilir ki Göynücek ‘in tarihi de gerek Amasya ve gerekse de Anadolu tarihi kadar eskidir; fakat bunu somut temellere oturta bilmek için, yoğun bir şekilde arkeolojik kazılar ve bilimsel araştırmalar yapmak gerekecektir.
Göynücek ilçesi sınırları ilçesi sınırları içerisinde en eski yerleşmeler Kalkolitik döneme aittir. Ayvalıpınar höyüğü bu dönem yerleşmelere en güzel örnektir. Yine M.Ö. 3000 – 2500 yılları arasına denk gelen Tunç Çağı yerleşmelerine örnek olarak Gediksaray höyüğünü örnek olarak verebiliriz.
Göynücek Orta Tunç çağında ( M.Ö. 2500 - 2000) Mezopotamya yazılı belgelerinde “Hatti Ülkesi“ olarak bilinen Hitit uygarlığının sınırları içerisinde kalmıştır. Hititlerin kayıp şehri “Hakmiş“ in Göynücek sınırları içinde olduğu düşünülmektedir. M.Ö. 750 – 585 yılları arasında bölgede sırası ile Firig, Kimmer, İskit, Med – Pers hâkimiyeti göze çarpmaktadır. Bu dönem yerleşimlerine en güzel örnek Ilısu Kocaman Tepe höyüktür. Daha sonra bölge Helenistik dönemin izleri göze çarpmaktadır.
M.Ö. 301 de Pers–Pontus hâkimiyetine giren bölge M.Ö.47 yılında Göynücek’ in hemen yanı başında bulunan Zile yakınlarında Roma İmparatoru Caesar ( Sevzar ) komutasında yapılan Zela Savaşı ile Roma egemenliğine girmiştir. Bu dönem yerleşimlerine en güzel örnek Gökçeli Kalesi‘dir. Roma’ nın ikiye ayrılışından sonra Bizans yönetimine giren bölge daha sonra 11. Kılıçarslan‘ın 1175z de Amasya‘yı fethiyle Selçuklu hâkimiyetine; 1341 de Eretna Devleti, 1393 yılında da Osmanlı Devleti yönetimine girmiştir.
Takriben 1650 yıllarında yerleşim merkezi olarak şu anki yerinde anılan adla kurulan Göynücek; Osmanlı yerel resmi Tahrir Defterlerinde 1800’lü yıllarda Varay (Gediksaray) nahiyesi aracılığıyla Mecitözü ilçesine dolayısıyla Amasya Sancağına bağlandığı belirtilmektedir. Bir ara Ilısu nahiyesine bağlandıysa da 1922 de ilk kez ilçe vasfını kazanmıştır. 1926 yılında kaybettiği bu vasfı nihayet 4 Mart 1954 tarih ve 6324 numaralı ve 01 Haziran 1954 tarihinde yürürlüğe giren Kanunla Göynücek Kazası olarak kurulmuştur.
Doğuda Tokat‘ın Zile İlçesi, ilçeye uzaklık 38 km, Batıda Çorumun Ortaköy ilçesi, ilçeye uzaklık 30 km, Kuzeyde Amasya merkez uzaklık 45 km, Güneyde Yozgat’ın Aydıncık ilçesi ilçeye uzaklık 54 km’dir.
İlçemize Amasya merkezden, sabah 7.30 ve akşam 17.00 saatleri arası her yarım saatte bir kalkan S.S. Göynücek 25 No'lu Minibüsçüler ve Taşıyıcılar Kooperatifine ait minibüslerle ulaşabilirsiniz.
İlçemiz Türkiye de sadece illere özel bir konuma sahip olan, dört tane ilin ortasında bulunmaktadır. İlçe Çekerek Irmağı Vadisinde ve Amasya ilinin Güneybatısı yönünde kurulmuş olup Doğuda Tokat‘ın Zile İlçesi, Batıda Çorumun Ortaköy ilçesi, Kuzeyde Amasya merkez, Güneyde Yozgat‘ın Aydıncık ilçesiyle sınırlıdır.
İlçemizin yüz ölçümü 578 km2 olup Rakımı 450 ile 1100 m arasındadır.
Yazları sıcak ve kurak, kışları ılık ve yağışlı geçmek de olup, kışları fazla sert geçmemektedir. İlçe bozkırlarla ve fundalıklarla kaplıdır. Yer yer bataklık, orman ve korulara rastlanmaktadır. Yeryüzü şekli engebeli ve dağlıktır. İlçenin batısında Karadağ, güney ve doğusunda Tekke dağı bulunmaktadır. En önemli akarsuyu Yeşilırmak’ın kolu olan Çekerek ırmağı ve Çorum ırmağıdır.
İlçemiz merkezinde Şehit İsmail Kara Anadolu İmam Hatip Lisesi, Şehit Erkan Karaçoban Çok Programlı Anadolu Lisesi, 70. Yıl Mesleki Ve Teknik Anadolu Lisesi, Şehit Tuncay Kurt İmam Hatip Ortaokulu, Atatürk Ortaokulu, Atatürk İlkokulu ve Göynücek Ortaokulu olmak üzere yedi okul ve köylerinde 4 ilk/ortaokulunda 114 derslikte öğrenim görülmektedir. Mevcut eğitimi yeterli olmakla birlikte Halkın yüzde doksan sekizi okuryazar durumdadır.
Göynücek İlçesinden kültür eskiden devam eden örf ve adetlerle yürümektedir.
İlçe merkezinde Entegre Devlet Hastanesi, Karaşar, Damlaçimen, Gediksaray ve Alan köylerinde faal Sağlık Evleri bulunmaktadır.
Şirin Göynücek ilçemiz, mevcut konumu ve merkezi yollardan kısmen uzak oluşu sebebi ile Türk ekonomisine sanayi ve ticaretten ziyade tarım ürünleriyle katkıda bulunmaktadır. Göynücek, verimli Çekerek ovasıyla "başta meşhur Göynücek bamyası, soğan, şeker pancarı, haşhaş, arpa, buğday" vb. ürünlerin yetişmesine imkân vermektedir. Ayrıca son yıllarda hızla gelişmekte olan meyvecilik, kendini kiraz, elma, vişne, kayısı ceviz ve şeftali ile göstermektedir. Yakında tamamlanması planlanan Aşağı Çekerek Ovası sulama projesi ve kaymakamlığımızca yapıla gelen ve devam eden sulama projeleriyle tarım ürünlerinde ve meyvecilikteki, ürün çeşitliliğinin ve verimin azami seviyeye ulaşması amaçlanmaktadır.
"Amasya'nın elması Göynücek'in bamyası" sözünü haklı çıkaracak ölçüde bol ve lezzetli Göynücek bamyası, yapılan ürün geliştirme çalışmaları ile Amasya'da tescillenmiş olan ününü Türkiye çapında da duyurmanın gayreti içerisindedir.
Yapımı devam eden Küçük sanayi sitesi ve yakında faaliyete geçmesi beklenen un fabrikası ile de sanayi sektöründe istihdam edilen vatandaşlarımızın sayısında artma meydana gelecektir.
İlçemiz 4 Mart 1954 tarih ve 6324 sayılı yasa ile İlçe haline getirilmiştir. İlçemizde 38 köy bulunmaktadır. İlçe merkezinde Cumhuriyet, Merkez ve Yeni Mahalle olmak üzere üç mahallesi bulunmaktadır.